根據(jù)微波介質(zhì)加熱原理，微波加熱具有從材料內(nèi)部產(chǎn)生，加熱速度快、穿透深度深，能選擇性加熱，操作控制方便等特點(diǎn)，因此在農(nóng)副產(chǎn)品的干燥、殺蟲(chóng)、殺菌等方面顯示了其他方法難以競(jìng)爭(zhēng)的優(yōu)點(diǎn)，得到較廣泛的應(yīng)用。實(shí)踐證明：利用微波可以在較短的時(shí)間內(nèi)，或在較低的溫度下，在物料的內(nèi)部和表面同時(shí)得到常規(guī)方法難以達(dá)到的殺蟲(chóng)或殺菌效果。   
1、殺蟲(chóng)：日本東芝公司首先利用微波對(duì)塌塌米（一種草墊）進(jìn)行工業(yè)的殺蟲(chóng)處理獲得成功。當(dāng)塌塌米溫度上升到60℃左右時(shí)，其內(nèi)部的害蟲(chóng)和蟲(chóng)卵均已殺滅。浙江黃巖一些廠家的實(shí)踐也證明利用微波進(jìn)行殺蟲(chóng)、殺菌，防止霉變具有良好的效果。國(guó)外在微波殺蟲(chóng)方面進(jìn)行了大量的研究，實(shí)踐證明當(dāng)農(nóng)產(chǎn)品本身溫度達(dá)到55℃-60℃時(shí)，其成蟲(chóng)、幼蟲(chóng)、蛹和蟲(chóng)卵已全部殺滅。   
2、殺菌：微波殺菌在食品工業(yè)中早已得到應(yīng)用，1976年據(jù)日本東芝公司統(tǒng)計(jì)，該公司生產(chǎn)用于糕點(diǎn)、米面等食品殺菌的微波功率容量已占其工業(yè)微波總量的34％，我國(guó)也早在七十年代就對(duì)中藥材、糧食等進(jìn)行滅菌、北京軍事醫(yī)學(xué)院用于實(shí)驗(yàn)動(dòng)物飼料和墊料的處理，安徽商業(yè)科技研究所對(duì)荔枝干進(jìn)行防霉處理不僅省工省時(shí)效率高，且保持了食品原有的品質(zhì)和口感均收到良好效果。國(guó)內(nèi)外研究證明，利用微波均勻加熱至70--80℃時(shí)，時(shí)間保持1～2分鐘，可以使一般的腸道菌、酵母菌和霉菌基本殺滅，但殺滅原生孢子必須在121--130℃溫度下保持3-4分鐘。   
3、酶的滅活：在食品和農(nóng)產(chǎn)品的加工中，經(jīng)常會(huì)遇到需對(duì)某些酶滅活處理的問(wèn)題。例如從成熟谷粒軋制成的面粉，其α淀粉酶的活性很強(qiáng)，必須滅活處理。否則作出來(lái)的面包內(nèi)部發(fā)韌，如用在其它方面（作粘接劑、加厚劑、填充劑）也是有問(wèn)題的。歐洲國(guó)家生產(chǎn)小麥。因其α淀粉的活性特別強(qiáng)，更迫切需要使酶滅活，常用的方法是加熱面粉至遠(yuǎn)高于64℃，這將導(dǎo)致面粉中水分喪失，還需要重新處理。但利用微波僅需加熱幾十秒，就能使酶的活性降低到允許的程度，還可殺死面粉中的大量微生物，又不影響面粉的主要特性。